【沿革】
| 平成3年5月14日 | 山形県埋蔵文化財調査体制検討委員会発足 |
| 平成4年6月25日 | 山形県埋蔵文化財調査体制検討委員会報告書提出 |
| 平成5年4月1日 | 山形県教育委員会が財団法人山形県埋蔵文化財センター設立を許可 |
| 平成5年4月1日 | 財団法人山形県埋蔵文化財センターを山形市緑町に設立 |
| 平成5年10月1日 | 上山市弁天（旧県立上山農業高等学校）に移転 |
| 平成24年3月19日 | 山形県知事が公益財団法人山形県埋蔵文化財センターへの移行を認定 |
| 平成24年4月1日 | 公益財団法人に移行 |
| 平成24年12月1日 | 上山市中山（旧上山市立中山小学校）に移転 |
【目的】
山形県内における遺跡等埋蔵文化財の調査研究を行い、県民の文化財に関する理解を深めるとともに、文化財保護と地域開発の調和を図り、もって、県民の文化生活の向上と地域文化の振興に寄与することを目的とする。
【事業】
目的を達成するために、次の事業を行う。
（1） 県内遺跡等埋蔵文化財の調査及び研究
（2） 埋蔵文化財の活用及び保護思想の普及
（3） その他法人の目的を達成するために必要な事業
【役員】
| 理事 | ６名（理事長１名 専務理事１名 理事４名） |
| 監事 | ２名 |
| 評議員 | ７名 |
公益財団法人 山形県埋蔵文化財センター役員・評議員名簿
（令和3年4月1日現在）
＜理事並びに監事＞
| 理事長 | 斎藤 直樹 |
| 専務理事 | 齋藤 稔 |
| 理事 | 渋谷 孝雄 |
| 理事 | 矢口 俊雄 |
| 理事 | 石川 由美 |
| 理事 | 遠藤 健悟 |
| 監事 | 梛野 哲郎 |
| 監事 | 大泉 定幸 |
＜評議員＞
| 評議員 | 遠藤 友紀 |
| 評議員 | 佐藤 庄一 |
| 評議員 | 大類 誠 |
| 評議員 | 佐藤 仁喜弥 |
| 評議員 | 本間 豊 |
| 評議員 | 木村 眞一 |
| 評議員 | 工藤 哲 |
【組織図（事務局）】
【課別人員配置表】
| 職名 | 総務課 | 業務課 | 計 |
| 事務局長 | 1 | 1 | |
| 課長 | （1） | 1 | 1（1） |
| 課長補佐 | 1 | 1 | |
| 総務専門員 | （1） | （1） | |
| 調査研究専門員 | 1 | 2（1） | 3（1） |
| 専門調査研究員 | 1 | 3 | 4 |
| 総務主査 | 1 | 1 | |
| 主任調査研究員 | 1 | 3 | 4 |
| 事務主任 | 1 | 1 | |
| 企画主任 | 1 | 1 | |
| 事務員 | 4 | 4 | |
| 合計 | 11（2） | 10（1） | 21（3） |
（ ）は兼務