2006（H18）年度
| 遺跡名 | 所在地 | 時代 | 発掘調査年度 | 事業 |
| 亀ヶ崎城跡 （かめがさきじょうあと） |
酒田市 | 中世～近世 | 平成16・17年度 | 県立高等学校校舎改築 |
| 万治ヶ沢 （まんじがさわ） |
鶴岡市 | 縄文・奈良・平安 | 平成17年度 | 日本海沿岸東北自動車道 |
| 地坂台 （ちさかだい） |
金山町 | 縄文 | 平成16年度 | 国道13号主寝坂道路 |
| 下中田 （しもなかだ） |
金山町 | 縄文 | 平成16年度 | 国道13号主寝坂道路 |
| 太郎水野1・2 （たろうみずの） |
金山町 | 縄文 | 平成16年度 | 国道13号主寝坂道路 |
| 梅野木前1 （うめのきまえ） |
山形市 | 古墳・奈良・平安 | 平成15・16年度 | 一般県道大野目内表線 |
| 上ノ山館跡 （うえのやまたてあと） |
上山市 | 中・近世 | 平成17年度 | 国道13号線上山バイパス |
| 川前2（1・2・3次） （かわまえ） |
中山町 | 奈良・平安 | 平成14・15・17年度 | 須川河川改修 |
| 上敷免 （じょうしきめん） |
中山町 | 平安 | 平成17年度 | 須川河川改修 |
| 百刈田 （ひゃくがりだ） |
南陽市 | 縄文・奈良・平安 | 平成16・17年度 | 国道113号線赤湯バイパス |
| 庚壇 （かのえだん） |
南陽市 | 弥生～平安 | 平成17年度 | 国道113号線赤湯バイパス |
| 中落合 （なかおちあい） |
南陽市 | 奈良・平安 | 平成17年度 | 国道113号線赤湯バイパス |
| 大塚 （おおつか） |
南陽市 | 平安 | 平成16年度 | 国道113号線赤湯バイパス |
| 西中上 （にしなかがみ） |
南陽市 | 平安 | 平成16年度 | 国道113号線赤湯バイパス |